1.    Πρόγραμμα Οριοθέτησης Υγροτόπων. Συνθήκη Ramsar:  Υγρότοπος Κερκίνης 1984.

2.    Οικολογική μελέτη της λίμνης Κερκίνης 1985.

3.    Μελέτη προστασίας & διαχείρισης αρπακτικών στο δάσος της Δαδιάς του Ν.Έβρου 1988.

4.    Μελέτη προστασίας και διαχείρισης του Κολχικού Φασιανού (Phasianus colchicus c.) στο Παρανέστιο μεγάλο δάσος (Κοτζά-Ορμάν) 1994.

5.    Παπαγεωργίου, Ν., Χ. Βλάχος, Δ. Μπακαλούδης, Α. Καζακλής, Π. Μπίρτσας, Ε. Σκάρπος, 1994. Μελέτη της Βιολογίας και Διαχείριση των Αρπακτικών Πτηνών στο δάσος Δαδιάς. Α.Π.Θ. Θεσσαλονίκη.

6.    Πιλοτική έρευνα των πληθυσμών και των βιότοπων του λαγού (Lepus europaeus) στην Ήπειρο 1997.

7.    Βιολογία του Κολχικού Φασιανού (Phasianus colhicus colhicus) στο δάσος Κοτζά Ορμάν 1996. (Επιστημονικός υπεύθυνος)

8.    Μελέτη της Βιολογίας και της δυναμικής των πληθυσμών και βιότoπων της πέρδικας (Alectoris  greaca, A. chukar, Perdix perdix) στην Ήπειρο 1998.

9.    WWF Ελλάς. 1999-2001. Πρόγραμμα παρακολούθησης των αρπακτικών πτηνών και των βιότοπών τους στο Δασικό Σύμπλεγμα Δαδιάς-Λευκίμης-Σουφλίου. (Επιστημονικός συνεργάτης)

10. Ιεζεκιήλ, Σ., Βλάχος, Χ., Μπακαλούδης, Δ. & Λεγάκης, A. (2003) Οικολογία και Διαχείριση του Περδικοσιάχινου (Hieraaetus fasciatus) στην Κύπρο. Ίδρυμα Προώθησης Έρευνας, Λευκωσία, Κύπρο.

11.  ΛΚΝ Ανάλυσις (2005-σε εξέλιξη) Μελέτη της Φαινολογίας της Μετανάστευσης των Υ-δρόβιων Θηραματικών Πτηνών. (Επιστημονικός Υπεύθυνος)   

12.  Βλάχος, Χ., Δ. Μπακαλούδης & Ε. Χατζηνίκος (2006) Η αρπακτικότητα της αλεπούς (Vulpes vulpes) και του πετροκούναβου (Martes foina) στην άγρια πανίδα. Επιτροπή Ερευνών, Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης. (Επιστημονικός υπεύθυνος)

13.  Ευρωπαικό Πρόγραμμα για την παρακολούθηση των αρπακτικών πτηνών: Research and Monitoring for and with Raptors in Europe». (Υπό εγκριση)

14. Ιεζεκιήλ, Σ., Δ. Μπακαλούδης & Χ. Βλάχος (2007) Η Οικολογία και Διαχείριση της Αετο-γερακίνας (Buteo rufinus) στην Κύπρο. Ίδρυμα Προώθησης Έρευνας, Λευκωσία, Κύ-προς. (Επιστημονικός συνεργάτης).

15.  Βλάχος Χ. (2007-σε εξέλιξη) Η επίδραση του Πετροκούναβου στην άγρια πανίδα της Κρήτης. Επιτροπή Ερευνών, Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης. (Επιστημονι-κός υπεύθυνος)

16.  Διαχειριστικό Σχέδιο για την Περιοχή «Επισκοπή Μωρού» του δικτύου Natura 2000.    (2008) Φορέας Χρηματοδότησης: Κυπριακή Δημοκρατία.

17.   Διαχειριστικό Σχέδιο για την Περιοχή «Ακρωτήρι Άσπρο- Πέτρα Ρωμιού» του δικτύου Natura 2000. (2008) Φορέας Χρηματοδότησης: Κυπριακή Δημοκρατία.

18.  Διαχειριστικό Σχέδιο για την Περιοχή «Μαυροκόλυμπος» του δικτύου Natura 2000.  (2008) Φορέας Χρηματοδότησης: Κυπριακή Δημοκρατία.

19.  Διαχειριστικό Σχέδιο για την Περιοχή «Κρίττου Μαρότου» του δικτύου Natura 2000.  (2008)  Φορέας Χρηματοδότησης: Κυπριακή Δημοκρατία.

20.  Διαχειριστικό Σχέδιο για την Περιοχή «Λιμνάτης» του δικτύου Natura 2000. (2007) Φο-ρέας Χρηματοδότησης: Κυπριακή Δημοκρατία. Διαχειριστικό Σχέδιο για την Περιοχή «Δρύμου» του δικτύου Natura 2000. (2008) Φορέας Χρηματοδότησης: Κυπριακή Δημο-κρατία.

21.  Διαχειριστικό Σχέδιο για την Περιοχή « Δρύμου» του δικτύου Natura 2000. (2008) Φο-ρέας Χρηματοδότησης: Κυπριακή Δημοκρατία.

22. Ιεζεκιήλ, Σ., Δ. Μπακαλούδης & Χ. Βλάχος (2009-2011) Η Οικολογία και Διαχείριση της  Σκαλιφούρτας (Oenanthe cypriaca) στην Κύπρο. Ίδρυμα Προώθησης Έρευνας, Λευκωσία, Κύπρος. (Επιστημονικός συνεργάτης)