Ο Εμμανουήλ Στ. Γιαννόπουλος είναι διδάκτορας του Τμήματος Μουσικών Σπουδών του Πανεπιστημίου Αθηνών, με επιβλέποντα καθηγητή τον Γρηγόριο Θ. Στάθη. Είναι ακόμη πτυχιούχος των τμήματων Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού  και Θεολογίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. Το μεταπτυχιακό του εκπονήθηκε στο Τμήμα Ποιμαντικής Θεολογίας του ίδιου πανεπιστημίου, στο γνωστικό αντικείμενο της Λειτουργικής και της Χριστιανικής Αρχαιολογίας και τέχνης και υπεύθυνο καθηγητή τον αείμνηστο κορυφαίο λειτουργιολόγο Ιωάννη Φουντούλη. Διδάσκει στο Τμήμα Μουσικών Σπουδών της Σχολής Καλών Τεχνών του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, στο οποίο έχει εκλεγεί λέκτορας, μαθήματα σχετικά με την Βυζαντινή εκκλησιαστική μουσική. Διδάσκει ακόμη κατ᾿ ανάθεσιν στο Τμήμα Θεολογίας της Θεολογικής Σχολής του ίδιου πανεπιστημίου τα μαθήματα Εισαγωγή στην εκκλησιαστική μουσική και Θέματα Ψαλτικής Τέχνης.
 Είναι συγγραφέας πολλών επιστημονικών βιβλίων, άρθρων, μελετών, καταλόγων χειρογράφων ψαλτικής και είναι επίσης τακτικός εισηγητής σε διεθνή μουσικολογικά και άλλα συνέδρια στην Ελλάδα και στο εξωτερικό. Το κύριο βάρος της επιστημονικής του έρευνας δίδεται στην χειρόγραφη παράδοση της Ψαλτικής, από τη συστηματική μελέτη της οποίας προκύπτουν πλήθος στοιχείων για την ιστορία, τη μορφολογία, την εξέλιξη και διάδοση, κ.λπ. της σπουδαίας αυτής τέχνης του ορθόδοξου Πνεύματος και του ελληνικού πολιτισμού.
 Διδάσκει από το έτος 1988 έως σήμερα και στη δευτεροβάθμια εκπαίδευση, αλλά και στο Δημοτικό Ωδείο Θεσσαλονίκης όπου από το έτος 1994 κ.ε. πολλοί μαθητές του έχουν ολοκληρώσει τις σπουδές τους στην Ψαλτική Τέχνη.
 Έχει διακονήσει ως ιεροψάλτης σε ναούς της Θεσσαλονίκης και από το έτος 1998 είναι πρωτοψάλτης του περικαλλούς βυζαντινού ιερού ναού των Αγίων Δώδεκα Αποστόλων στην ίδια πόλη.