JSmol Tutorials

Νικόλας Χαριστός / Εργαστήριο Κβαντικής & Υπολογιστικής Χημείας / Τμήμα Χημείας Α.Π.Θ. / 2019-2021

Ενότητα 1
Εισαγωγή στο JSmol

Μάθημα 1.1

Δημιουργία Ιστοσελίδας που περιέχει JSmol
Απεικόνιση και κίνηση μοριακού μοντέλου

Μάθημα 1.2

Εισαγωγή στοιχείων διεπαφής χρήστη
Μορφές απεικόνισης μοριακού μοντέλου

Μάθημα 1.3

Επιλογή ατόμων
Δημιουργία εκπαιδευτικού σεναρίου για τους δεσμούς υδρογόνου στο νερό
Ενότητα 2
Οπτικοποίηση Ισοεπιφανειών

Μάθημα 2.1

Ατομικά Τροχιακά
Ισοεπιφάνειες και Σημειακές Απεικονίσεις ΑΟ με βάση τους Κβαντικούς Αριθμούς

Μάθημα 2.2

Υβριδικά Τροχιακά
Απλοί, διπλοί, τριπλοί δεσμοί άνθρακα-άνθρακα

Μάθημα 2.3

Χάρτες, Ισοεπιφάνειες και Χαρτογραφημένες Ισοεπιφάνειες
Ηλεκτροστατικό Δυναμικό

Μάθημα 2.4

Μοριακά Τροχιακά
Ισοεπιφάνειες ΜΟ από αρχεία υπολογισμού Gaussian


Κατεβάστε στον υπολογιστή σας την τελευταία έκδοση του Jmol από το παρακάτω link:
https://sourceforge.net/projects/jmol/

Οι εντολές (functions) του Jmol JavaScript Object περιγράφονται στην ιστοσελίδα:
http://wiki.jmol.org/index.php/Jmol_JavaScript_Object/Functions

Το πλήρες εγχειρίδιο της scripting γλώσσας του JSmol βρίσκεται στην ιστοσελίδα:
https://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/

Για την ανάπτυξη των ιστοσελίδων σε αυτό το tutorial χρησιμοποιήθηκε ο επεξεργαστής κειμένου κωδικα Atom Editor:

https://atom.io/

Εναλλακτικά μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τον απλούστερο επεξεργαστή κειμένου κώδικα Notepad++:

https://notepad-plus-plus.org

Προσοχή!

Web
Το Jsmol τρέχει σε όλους τους σύγχρονους browsers μέσω διαδικτύου ή server.

Αρχεία σε τοπικό υπολογιστή

Για την εκτέλεση τοπικών αρχείων JSmol σε αυτό το tutorial προτείνεται η χρήση του browser Firefox με κατάλληλη ρύθμιση.

Για να επιτρέψετε την εκτέλεση του JSmol στο Firefox ακολούθήστε τα παρακάτω βήματα:

  1. Eισάγετε about:config στην διεύθυνση url και πατήστε enter
  2. Αναζητήστε την ιδιότητα security.fileuri.strict_origin_policy
  3. Θέστε την τιμή της ιδιότητας σε False

Για περισσότερες και επικαιροποιημένες πληροφορίες σχετικά με την εκτέλεση τοπικών αρχείων JSmol με διάφορους browsers επισκεφτείτε την σελίδα
http://wiki.jmol.org/index.php/Troubleshooting/Local_Files